Hệ vi sinh của trẻ có nền tảng từ người mẹ và chịu ảnh hưởng của các điều kiện bên trong bụng mẹ cũng như hình thức sinh và chế độ ăn uống, lối sống tiếp theo.

Số lượng vi sinh vật gắn với cơ thể con người là rất lớn, ước tính khoảng 10¹⁴ đến 10¹⁵ tế bào vi khuẩn. Ngoài các khu vực tập trung đông đảo như đường niệu sinh dục, đường tiêu hóa và khoang miệng, vi khuẩn hay đúng hơn là DNA của chúng, cũng đã được xác định trong não và nhau thai.

Axit lactic chứa trong sữa mẹ tạo thành tấm lá chắn bảo vệ thành ruột và bảo vệ trẻ khỏi các mầm bệnh. Do có các loại chất xơ của sữa mẹ (oligosaccharides) nên việc nuôi cấy axit lactic có thể nhân lên và tốt hơn.

Những nhân tố gây ảnh hưởng từ sớm có thể tác động lâu dài đến sự phát triển của hệ vi sinh đường ruột. Tuy nhiên, hệ vi sinh cũng như tình trạng sức khỏe và lối sống của người mẹ sẽ ảnh hưởng đến loại vi sinh nào người mẹ sẽ truyền sang con ngay từ khi đang mang thai. 

Khi trẻ mới sinh ra, nhiều hệ cơ quan còn non nớt. Hệ miễn dịch cũng cần phải được “huấn luyện” để phát huy hết tiềm năng. Đó chính là nhiệm vụ của hệ vi sinh đường ruột. Bằng nhiều cơ chế khác nhau, nó chống lại các vi khuẩn gây hại và ngăn nhiễm trùng. 

Trong một thời gian dài, người ta tin rằng sự ra đời là tín hiệu bắt đầu của vi khuẩn định cư trong cơ thể của trẻ sơ sinh. Tuy nhiên những dữ liệu nghiên cứu gần đây cho thấy trẻ sơ sinh tiếp xúc với vi khuẩn lần đầu tiên từ ngay trong bụng mẹ.

Các loại vi sinh vật có được hay các thành phần đặc biệt trong chế độ dinh dưỡng đều có ảnh hưởng đến hệ vi sinh đường ruột. Điều này đặc biệt có liên quan đến lợi khuẩn và chất xơ.