Các loại vi sinh vật có được hay các thành phần đặc biệt trong chế độ dinh dưỡng đều có ảnh hưởng đến hệ vi sinh đường ruột. Điều này đặc biệt có liên quan đến lợi khuẩn và chất xơ hay đúng hơn là sự kết hợp synbiotic của cả lợi khuẩn và chất xơ.

Lợi khuẩn (probiotic) là những vi sinh vật sống, không gây bệnh, khi được hấp thụ với số lượng vừa đủ có thể hỗ trợ hệ vi sinh phòng hoặc chữa bệnh, hay có thể nói chúng có lợi cho sức khỏe (FAO/WHO 2001). Vi khuẩn axit lactic là một trong những loại lợi khuẩn được biết đến nhiều nhất, đặc biệt là các chủng lactobacillus và bifidus.

Chất xơ (prebiotic) lại là chất nền đặc biệt không thể bị enzyme phân chia và cũng không được hấp thụ ở đường tiêu hóa trên. Chúng đi xuống đại tràng dưới dạng chưa tiêu hóa, đây là nơi chúng làm chất nền cho quá trình lên men và kích thích sự sinh sản của vi khuẩn đường ruột có lợi (Gibson GR, Roberfroid MD 1995). Quá trình này đẩy nhanh sự phát triển của vi khuẩn có khả năng phân hủy chất xơ prebiotics, chủ yếu bao gồm các chủng bifidobacteria và lactobacilli. Quá trình sinh trưởng và trao đổi chất của chúng gây ức chế hoạt động của các tác nhân gây bệnh tiềm ẩn. Ví dụ như vi khuẩn đường ruột tạo ra các axit béo chuỗi ngắn thông qua việc phân hủy carbohydrate làm giảm độ pH trong ruột và tạo ra môi trường sống bất lợi đối với vi khuẩn gây bệnh. Một số ví dụ về chất xơ prebiotic tiêu biểu là galacto-oligosaccharides, fructo-oligosaccharides và inulin.

Nếu một loại thực phẩm mà có chứa cả lợi khuẩn và chất xơ thì cũng được gọi là synbiotic (Bischoff SC 2009).