Số lượng vi sinh vật gắn với cơ thể con người là rất lớn, ước tính khoảng 10¹⁴ đến 10¹⁵ tế bào vi khuẩn. Do đó, những vi khuẩn này nhiều gần gấp 10 lần các tế bào soma của con người. Nói một cách chính xác, chỉ 10% tế bào của chúng ta là người và 90% là vi khuẩn. Về số lượng các loài khác nhau, theo các nguồn khác nhau có thể giao động từ 400 – 500 đến ít nhất là 1.000. Con số chính xác rất khó xác định vì nhiều vi sinh vật không thể được được nhân giống. Tuy nhiên, các nghiên cứu gần đây cho thấy rõ ràng rằng trong cơ thể chúng ta không có vùng nào hoàn toàn vô trùng. Ngoài các khu vực tập trung đông đảo như đường niệu sinh dục, đường tiêu hóa và khoang miệng, vi khuẩn hay đúng hơn là DNA của chúng, cũng đã được xác định trong não và nhau thai (Reid G và cộng sự  2015).

Tuy nhiên, chắc chắn là mật độ vi khuẩn lớn nhất cho đến nay (chỉ dưới 99%) được tìm thấy trong đường ruột. Điều này là do một số nguyên nhân.

• Thứ nhất, cặn thức ăn trong ruột là nguồn dinh dưỡng tối ưu cho vi sinh vật.
• Thứ hai, diện tích bề mặt rất lớn của ruột là nơi quyết định việc hấp thu hiệu quả các chất dinh dưỡng.

Nếu ruột với nhiều nếp gấp và nhung mao của nó trải phẳng ra sẽ có diện tích xấp xỉ 400 m2 (để so sánh, phổi là khoảng 100 m2, và da khoảng 2 m2). Đồng thời, hàng ngày cơ thể chúng ta gặp phải các kháng nguyên và vi sinh vật ngoại lai mà chúng ta hấp thụ từ thức ăn và hệ thống miễn dịch đường ruột (GALT - mô bạch huyết liên quan đến ruột) phải phân biệt loại nào là gây bệnh và loại nào là không gây bệnh.  Hơn 2/3 tổng số tế bào có đủ năng lực miễn dịch được tìm thấy trong ruột. Hệ miễn dịch của chúng ta và hệ vi sinh vật đường ruột phối hợp chặt chẽ với nhau. Những vi sinh vật này rất quan trọng, đặc biệt là ở giai đoạn đầu đời, vì chúng "đào tạo" hệ miễn dịch còn non nớt của trẻ sơ sinh.

Sự cân bằng vi khuẩn phù hợp là cơ sở quan trọng cho sức khỏe con người. Do đó, sự sẵn có của vi khuẩn thích hợp về sinh lý là cần thiết để loại bỏ các mầm bệnh ngoại lai xâm nhập. Các vi sinh vật tạo ra nhiều chất ảnh hưởng đến môi trường đường ruột và do đó ảnh hưởng đến quá trình trao đổi chất nói chung. Hệ vi sinh vật đường ruột nội sinh ngăn cản sự phát triển và sinh sôi của vi khuẩn mới trong ruột. Kết quả là, sự phổ biến của vi khuẩn gây bệnh đường ruột bị ức chế hoặc cản trở (sự kháng thuốc của vi khuẩn chiếm ưu thế).

Do đó, vũ khí tốt nhất để chống lại sự xâm nhập của vi rút và vi khuẩn là hệ vi sinh vật đường ruột nội sinh phát triển tốt.