Chính những nhân tố gây ảnh hưởng từ sớm có thể tác động lâu dài đến sự phát triển của hệ vi sinh đường ruột. Tuy nhiên, hệ vi sinh cũng như tình trạng sức khỏe và lối sống của người mẹ sẽ ảnh hưởng đến loại vi sinh nào người mẹ sẽ truyền sang con ngay từ khi đang mang thai. Hơn nữa, những yếu tố sau cũng có tác động đó là phương thức và thời điểm sinh, gen di truyền, chế độ ăn uống và các yếu tố môi trường như là anh chị em, thời gian ở nhà trẻ, thuốc (kháng sinh) và tiếp xúc với vật nuôi trong gia đình.

Hình 1: Các yếu tố ảnh hưởng đến hệ vi sinh đường ruột

Quá trình sinh nở tác động mạnh mẽ đến sự định cư của vi khuẩn trong đường ruột của trẻ sơ sinh. Trong quá trình sinh thường, trẻ tiếp xúc với hệ vi sinh trong âm đạo và trực tràng của người mẹ. Trẻ sinh thường có hệ vi sinh đường ruột đa dạng hơn trẻ sinh mổ. Trong khi trẻ sinh thường được thừa hưởng hệ vi sinh đường ruột giống với mẹ thì ở trẻ sinh mổ chủ yếu chỉ tìm thấy vi khuẩn từ da và bệnh viện.

Do đó, trẻ sinh mổ có nguy cơ mắc bệnh sau này cao hơn (Cho CE, Norman M 2013). Một yếu tố nữa gây ảnh hưởng tiêu cực đến hệ vi sinh của mẹ và con là mẹ thường được điều trị bằng kháng sinh dự phòng sau sinh mổ.

Những khác biệt này có thể kéo dài đến khi trẻ 7 tuổi (Renz-Polster H et al. 2005; Cho CE, Norman M 2013), và hiện có nhiều bằng chứng được ghi nhận về sinh mổ có liên quan đến nguy cơ mắc các chứng dị ứng, hen suyễn, tiểu đường type I và bệnh celiac do hệ vi sinh đường ruột không cân bằng (Cho CE, Norman M 2013; Thavaganam S et al. 2008; Laubereau B et al. 2004).

Hình 2: Ảnh hưởng của phương thức sinh đến hệ vi sinh của trẻ sơ sinh (theo Dominguez-Bello MB et al. 2010)